知识产权备案有以下3个作用：
（一）是海关采取保护措施的前提条件。根据《条例》的规定，知识产权权利人如果事先没有将其知识产权向海关备案，即使发现侵权货物即将进出境，也没有权利要求口岸海关予以扣留。
（二）有助于海关发现侵权货物。尽管根据《条例》的规定，知识产权权利人在进行备案后，仍然需要在发现侵权货物即将进出境时向有关海关提出采取保护措施的申请，但是，能否发现侵权货物，主要依赖于海关对有关货物的查验。由于权利人在备案时，需要提供有关知识产权的法律状况、权利人的联系方式、合法使用知识产权情况、侵权嫌疑货物情况、有关图片和照片等情况，使海关有可能在对货物的日常监管过程中发现侵权嫌疑货物并主动予以扣留的。所以，事先进行知识产权备案，可以使权利人的合法权益得到及时的保护。
（三）预防将来可能的侵权行为发生。由于海关对进出口侵权货物予以没收并给予进出口企业行政处罚，尽早进行知识产权备案，可以对那些过去毫无顾忌地进出口侵权货物的企业产生警告和震慑作用，促使其自觉地尊重有关知识产权。