请高手解答一下外贸做账和免税的问题

企业现状：北京、小规模企业(进出口公司），通过采购国内货物出口
1、我们从国内采购了一批货物出口，工厂开出增值税发票（国税代开4%）给我们，2、去年营业额189万，但我去税务查，增值税这块的销售额才10万不到，但我们企业去年所有的收入基本上出口，只有10万不到的，是国内销售。也就是说，这10万是国内销售所得。3、企业会计是外包出去会计事务所，她现在把工厂给我们的发票都做成库存，这对吗？当我们其他国内货物销售赚钱后，她就疯狂结转库存。
我想问：
1、工厂给我们开的增值税发票，我们能做免税吗？意思是，这张发票会计应该如何入账？做成什么名目？我们会计这样做帐对不对？
2、我们现在想申请一般纳税人，每年的营业额180多万，已经够得上标准了，增值税销售这块才10万。帐肯定做错了，不知道错在哪？
请高手解答。谢谢！